La empresa fue fundada en 1984 por el matrimonio de Leonard Bosack y Sandra Lerner, quienes formaban parte del personal de computación de la Universidad de Stanford. El nombre de la compañía viene de la palabra "San Francisco"; al mirar por la ventana había al frente un cartel que decía "San Francisco" y un árbol se interponía entre la palabra separando San Fran Cisco, de ahí proviene el nombre de la empresa. Allí comenzó su despliegue como empresa multinacional.

Bosack adaptó el software para enrutadores multiprotocolo originalmente escrito por William Yeager, empleado de informática de la universidad. Cisco Systems creó el primer router comercialmente exitoso.
Tradicionalmente, su principal competidor era Juniper Networks en la venta de routers para enlaces backbone. Sin embargo, debido a su caída en picado en los últimos años, actualmente su principal competidor es Huawei.
Además de desarrollar el hardware de sus equipos, Cisco Systems también se ocupa de desarrollar su propio software de gestión y configuración de los mismos. Dicho software es conocido como IOS, de código actualmente cerrado y propietario.
A través del IOS se consigue configurar los equipos Cisco mediante la denominada "Command Line Interface" (CLI) (Interfaz de Línea de Comandos), que sirve de intérprete entre el usuario y el equipo.
Cisco Systems tiene productos para routing (redes), seguridad, colaboración(telefonía IP y sistemas de videoconferencia), data center, cloud y movilidad (wireless). La mayoría de sus productos se basan en hardware; no obstante, durante los últimos años la empresa está rotando sus productos hacia el software.
Cisco Systems también posee una división de publicaciones tecnológicas denominada Cisco Press, la cual tiene un convenio con la editorial estadounidense Pearson VUE, división educativa que produce material educativo para programas que tienen como fin la formación de personal profesional especializado en el diseño, administración y mantenimiento de redes informáticas. 

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